Однак завоювання України виключно силами Червоної армії РСФСР, які мали б провадити воєнні дії не проти німецького війська, а проти української армії, мало б характер неприхованої окупації. Тому в останніх днях листопада було відновлено в Курську заходами одного з головних організаторів цього походу, емісара ЦК РКП, народного комісара національних справ РСФСР і члена новоутвореної Реввійськради «групи Курського напрямку» (пізніше — «Українського Фронту») Й. Сталіна комуністичний маріонетковий «уряд» для України, скасований II з'їздом КП(б)У на вказівку цього ж таки ЦК РКП місяць перед тим. Цей новий, створений московським ЦК РКП, т. зв. «Тимчасовий робітничо-селянський уряд України», очолений початково євреєм Ю.П’ятаковим, а згодом недавнім головою російської мирової делеґації в Києві болгарином Л. Раковським, мав своїм завданням політично прикривати воєнні операції Червоної армії в Україні. Водночас російський совєтський уряд злочинно, ламаючи міжнародне право, офіційно оголосив себе вільним від зобов'язання, взятого в березні в Бересті, визнати і поважати самостійність і суверенність України.
Напередодні другого походу в Україну на кордоні з УНР російські більшовики зосередили значні військові сили: 75 тис. піхотинців, 15 тис. кавалеристів, 170 гармат, 427 кулеметів, 15 літаків і 6 бронепоїздів. Для їх фінансового забезпечення РНК РСФСР виділив 22,5 млн. рублів.
Російська сторона, що й так постійно порушувала умови припинення бойових дій, остаточно зламала без попередження угоду про перемир'я від 12 червня 1918 року. У грудні 1918 р. більшовицька армія на чолі з В. Антоновим-Овсієнко, Й. Сталіним і В. Затонським по-зрадницьки, без оголошення війни перейшла встановлену раніше демаркаційну лінію на всій її протяжності та розпочала наступ з Курська на Українську Народну Республіку. Неофіційним гаслом агресора було: «Україна не для українців!»

Українські політичні кола, що з них вийшла Директорія, стояли на засаді можливого додержання нейтралітету в боротьбі, яка розгорнулась на теренах колишньої царської Росії між: совєтським режимом і його російськими й неросійськими ворогами. Головним завданням урядів і Центральної Ради, й гетьманського було домогтись від совєтської Росії остаточного визнання державної самостійності України й невтручання до українських справ. Директорія виявила намір послідовно продовжувати ці заходи. Але ще перед своїм утвердженням у Києві вона була поставлена перед фактом вторгнення на українську територію російських совєтських військ.
Уряд Директорії надіслав, одну за одною три ноти до Москви, 31 грудня 1918 р., 3 й 4 січня 1919 р., в яких домагався відповіді з приводу наступу російських совєтських збройних сил на Україну. Одержані відповіді свідчили лише про одне: російський більшовицький уряд, провадячи збройну агресію проти України в грудні 1918 р. своїми збройними силами, сформованими, озброєними й вишколеними на території Російської Совєтської Республіки, які складали частину її збройних сил і провадили свої операції «за єдиним для всієї країни (тобто совєтської Росії) воєнним планом», намагався всяко уникнути враження, що він почав війну проти держави, що її перед тим визнав самостійною або втрутився своєю військовою силою до її внутрішніх справ. Та словесна казуїстика московських правителів не могла приховати того, що їх метою залишалось цілковите опанування України, поновне включення її до очоленої Москвою єдиної державної системи на просторі колишньої Російської імперії. Начебто «миролюбні» відповіді більшовицького наркома іноземних справ Чічеріна не зупиняли воєнного наступу війська совєтського «українського» фронту.
Тому в ноті від 9 січня 1919 р. Директорія наголосила, що «Російський Уряд без усякого на те права втручається у внутрішні справи українського народу» й «силою китайсько-лотиських штиків бажає завести на Україні такий лад, який був би бажаним російському урядові». Переконавшись у небажанні російської сторони вирішити міждержавні суперечки мирним шляхом, 16 січня 1919 Директорія офіційно оголосила війну радянській Росії. Однак сили були нерівні. Розпочата гетьманським урядом військова реформа через опір німецьких «союзників» так і не завершилася. Не сприяли її проведенню і значні територіальні і матеріальні втрати протягом грудня 1918 – січня 1919 років. Оборона України лягла на плечі нечисленних регулярних формацій: Осадного корпусу Січових Стрільців, Запорізького корпусу, Дніпровської, Чорноморської та деяких інших дивізій, а також енергійних але слабо вишколених та озброєних повстанських загонів. Незважаючи на опір українських військ, більшовицькі війська за два місяці зайняли Лівобережжя. 5 лютого 1919 р. через російську воєнну загрозу Директорія евакуювалася із Києва. Його знову захопили московські більшовицькі окупанти, встановивши свій жорстокий терористичний режим. Перше, що зробили «визволителі» - це налагодили плановий грабунок українського хліба. Не вміючи налагодити зруйновану революційною анархією власну економіку, росіяни взялися силою відбирати хліб в українських селян. У відповідь ті взялися за зброю. За свідченням Х.Раковського, тільки за три з половиною весняні й літні місяці 1919 року в Україні відбулося 328 повстань. Сформовані на території Російської Федерації з втікачів та перебіжчиків «українські» частини не бажали воювати з повстанцями. Тому їх терміново замінювали на прибулі з глибинних районів Росії каральні частини Червоної армії, укомплектовані етнічними росіянами.
У лютому – березні 1919 р. російські більшовицькі війська повели подвійний наступ: на півночі по лінії Мозир – Коростень, Лунинець – Сарни – Рівне, намагаючись відтягти відділи Армії УНР від УГА, і на півдні з району Кременчук – Катеринослав через Знам'янку на Бірзулу – Жмеринку, з метою ізолювати українські військові частини від десанту Антанти. Третя група більшовицьких російських військ повела наступ з Києва в напрямі Бердичів – Козятин – Жмеринка, щоб не допустити з'єднання між північними і південними частинами Армії УНР. Наступ окупаційних військ з Росії підтримувало комуністичне підпілля, рекрутоване переважно з представників нацменшин. У березні 1919 р. військо УНР перейшло в контрнаступ, завдаючи відчутних ударів більшовикам у районі Бердичів-Козятин-Житомир і підступаючи аж під Київ. Цей стратегічний маневр Армії УНР унеможливив спробу більшовиків прорватися до Угорщини для допомоги тамтешньому комуністичному режиму Бели Куна.
У квітні 1919 р. росіяни скористалися з евакуації до Європи військ Антанти, щоб наступом на Жмеринку відтяти від решти Армії УНР українську південну групу військ, яка була змушена 16 квітня 1919 р. перейти Дністер на румунську територію, звідки пізніше через Галичину вона дісталася на Волинь. При цьому, всупереч підписаним з українським урядом угодам, румуни присвоїли собі зброю та амуніцію Запорізького корпусу, зокрема 80 гармат, 700 кулеметів, 15 000 рушниць з відповідною кількістю боєприпасів (40 ешелонів). Як згадував у своїх споминах сучасник цих подій Генерального штабу генерал-хорунжий М.Капустянський: «Європа не лише нам не допомагала і сама лякалася більшовиків, а навіть наші останні запаси амуніції відбирала і лишала нас з голими руками».
Внаслідок воєнних невдач під владою Директорії залишилася невелика територія південно-західної Волині в районі Дубно – Броди. У травні 1919 р. росіяни скористалися з наступу поляків на українські війська у районі Луцька, (чим була ослаблена Північна група Армії УНР), щоб наступом з півночі й південного сходу захопити Рівне, Шепетівку, Проскурів, Кам'янець-Подільський. За таких обставин Армія УНР, уклавши перемир'я з поляками (24.05.1919), реорганізувалася у 4 військові групи: Січових Стрільців, Запорізьку, Волинську й Південно-Східну чисельністю близько 15 000 бійців і на початку червня успішним наступом витіснила більшовиків з південно-західного Поділля. У ході наступу було визволено від російських окупантів Кам'янець-Подільський, який став місцем тимчасового перебування українського уряду. У середині липня Армія УНР відтіснила російських більшовиків за лінію Городок – Ярмолинці – Шаргород – Дунаївці – Нова Ушиця – Вапнярка. Однак розвинути успіх не вдалося з об’єктивних причин. Армія УНР була вкрай виснажена: 30 червня 1919 року проти неї знову розпочала наступ поповнена свіжими резервами Червона армія. У цей критичний момент на допомогу наддніпрянським українцям прийшла із-за Збруча Українська Галицька Армія. З її приходом воєнно-політична обстановка радикально змінилася на українську користь. На цей час антиукраїнська політика російських окупаційних властей та безчинства червоноармійців досягла свого апогею. У відповідь на більшовицькі розстріли, продовольчі реквізиції, тотальне нищення української культури і духовності селяни та інтелігенція України масово поповнювали лави повстанців. Виникла сприятлива ситуація для визволення території УНР від московських окупантів силами об’єднаних українських урядових армій та місцевих повстанців.
У серпні 1919 р. під командуванням генерала М. Юнакова і В. Курмановича почався спільний похід Дієвої Армії УНР і УГА проти більшовиків. Об'єднані армії чисельністю 85 000 бійців і близько 15 000 українських повстанців наступали на Київ й Одесу. Після завзятих боїв на Подільському відтинку вони зайняли Вінницю (12.08.1919), Хмільник, Янів, Калинівку, Староконстянтинів (14.08.1919), згодом Бердичів (19.08.1919), Житомир (21.08.1919), і 31 серпня українські частини увійшли у Київ. Однак одночасно до Києва увійшли частини Добровольчої Армії А. Денікіна.
Розпочавши у червні похід проти більшовиків з козацьких земель Дону, денікінці до липня захопили значну частину Лівобережжя України. Білогвардійські російські окупанти прийшли на зміну червоним.
Денікін та його шовіністичне оточення, опираючись на політичну та воєнну допомогу Антанти, домагалися «єдіной і нєдєлімой Россії». «Єдінонєдєлімци» не визнавали незалежності України і при зустрічі зайняли вороже становище щодо українського уряду та війська. Не бажаючи конфлікту з союзниками Антанти українські частини залишили Київ. Однак білогвардійці замість наступу на Москву вже з 22 вересня атакували українську армію. Тому 24 вересня Директорія УНР проголосила війну урядові «Юга России» та його Добровольчій армії. Так виник ще один фронт боротьби – денікінський. Бойові дії на ньому забрали в української сторони чимало часу і сил. Пізньої осені 1919 року український уряд і його армії опинилися в околицях Чорториї та Любара у так званому «чотирикутнику смерті». З усіх боків на цей «чотирикутник» наступали вороги української державності, а всередині «чотирикутника» лютував тиф, який шалів виключно на території, зайнятій українськими арміями. Це був перший в історії людства випадок застосування бактеріологічної зброї. Сотні українців - вояків та цивільних осіб вмирали від тифу щодня, бо ліків не було. Ці ліки уряд намагався купити в недалекій Румунії та інших європейських країнах. Однак правителі Антанти заборонили ввезення ліків до України. Блокадою вони намагалися задушити національно-визвольну боротьбу українського народу, бо бажали відновлення «єдиної та неділимої Росії».
Оточена з усіх боків ворогами, одна частина Армії УНР разом із урядом перейшла на території, зайняті поляками. Друга частина, на чолі з генералом М.Омеляновичем-Павленком, рушила на Схід у свій відомий Зимовий поход тилами російських білих і червоних армій.